2006년도 정부예산안이 결정되었다. 혹독한 재정상황에서 대부분 예산이 삭감되었으며, 사회보장관계의 의무적인 경비 이외에는 유일하게 과학기술진흥비만 증액되었다. 종합과학기술회의의 SABC 평가를 받아들여, S 16% 증액, A 2%증액, B 3% 감액, C 30% 감액으로 전년 대비 1.1%(142억엔) 증가한 1조 3312억 엔으로 결정되었다. 제3기 과학기술기본계획 초년도에 있어 “힘들어도 과학기술예산을 늘린다”는 정부의 입장이 나타난 내용이다. 문부과학성 예산은 전년 대비 4687억 8800만 엔 감소한 5조 1324억 1700만 엔이다. 그 중 삼위일체개혁에서 의무교육 국고부담금이 지방으로 이관된 4385억 엔을 제외하면 실질적으로 약 302억 엔이 감소하였다. 경쟁적 연구자금은 전체적으로 약 24억 엔 감소한 3584억 800만 엔으로 책정되었다. 이것은 2005년부터 경쟁적 자금에 포함된 원자력 시스템 연구개발위탁비의 전원개발 특별회계분이 약 58억 엔 감소되었기 때문이다. 과학연구비 보조금은 15억 엔이 증가한 1895억 엔으로, 연2회 공모 시행과 젊은 연구원 스타트업 자금이 인정되었다. 전략적 창조 연구추진사업은 4억 엔 증가한 480억 엔, 과학기술진흥조정비는 3억 엔 증가한 398억 엔이다. 국립대학법인의 운영비 교부금은 1조 2214억 7800만 엔으로, 효율화에 의한 179억 엔 감소에 특별교육연구경비의 14억 엔 증가, 퇴직금 등의 특수요인 증가를 포함하여 합계 102억 5100만 엔 감소하였다. 시설조정비 보조금은 31억 5600만 엔 감소한 518 3900만 엔이다. 또한 특색 GP 및 매력있는 대학원 교육 이니셔티브 등 국공사립대학 관련 대학개혁 지원에 관해서는 29억 3900만 엔이 증가한 562억 100만 엔이 계상되었다. 우수한 연구자를 확보하기 위한 예산은 668억 4300만 엔(52억 6천만 엔 증가)으로, 진흥조정비에 “젊은 연구자의 자립적 연구환경정비 촉진”을 새롭게 편입시키는 등 과학기술비의 젊은 연구를 충실히 하였다. 더욱이 여성연구자가 출산, 육아 등으로 연구를 중단할 때 복귀지원 및 여성연구자의 활약을 촉진하는 예산이 포함되었다. 대형기초연구에 관해서는 7억 9000만 엔 증가한 936억 7300만 엔이 계상되었는데, Super-Kamiokande 및 대강도 양자 가속기 계획, 알마계획, 스바르, 대형 헤리컬 장치, 종합지구환경학 연구 프로젝트 등이 추진된다. 　 이노베이션을 창출하기 위한 산학관 제휴에 관해서는 370억 5600만 엔이 계상되었다. 지적재산전략을 강화하기 위해 약 59억 엔을 사용하여 대학지적본부 및 슈퍼 산학관 제휴 본부를 정비, 연구성과의 특허화를 촉진함과 동시에 지적분야의 전문인재 및 감각있는 인재를 양성한다. 또한 약 312억 엔으로 산학관 제휴를 추진한다. 이노베이션 창출로 연결되는 본격적인 공동연구의 발전을 목표로 한 FS 활동의 지원, 대학발 벤처의 창출 사업 전개에 필요한 연구개발의 추진, 산학관제휴에 의한 매칭펀드의 실시 등이다. 지역과학기술진흥에는 6억 5800만 엔이 증가한 246억 7300만 엔이 계상됐다. 지적클러스터 창생사업 약 100억 엔, 도시 에리어 산학관 제휴촉진사업 40억 엔 외에 전국의 연구성과 활용 프라자 및 JST 위성을 활용하여 자치단체, 경제산업국, 대학 등과 지역 이노베이션의 창출을 종합적으로 지원하는 신규사업을 위해 약 72억 엔이 사용된다. 국가적으로 중요한 기간기술에 있어 핵융합과 해양 이외에는 증액됐다. 2015년까지 위성, 육역, 해역관측망을 정비하고 데이터를 종합적으로 수집, 해석하는 종합관측 감시시스템은 230억 2600만 엔(약 35억엔 증가), 우주운송시스템은 127억 엔이 증가한 492억 2600만 엔으로, 우주예산이 4년 만에 증가하였다. ‘몬쥬’, ‘조요(常陽)’ 등의 고속증식로 사이클 기술에 대해서는 약 40억 엔이 증가한 347억 3500만 엔이 계상되었다. 세계 최첨단, 최고 성능의 범용경속계산기 시스템의 개발에는 35억 4700만 엔이 신규 계상됐다. 1000억 엔을 넘기는 대형 프로젝트가 인정된 것은 9년 만에 일이다. 또한 현재의 10억 배를 상회하는 고휘도 X선 레이저에 의한 세계 최고 성능의 광분석, 계측시스템을 실현하는 X선 자유전자레이저에 관해서는 125억 3900만 엔이 계상됐다. 대신절충까지 진행된 사학(私学)조성의 경우 경상비 보조가 0.6% 증가한 3312억 5000만 엔, 연구설비 정비비 등 보조가 7억 7800만 엔 증가한 77억 7700만 엔이 인정되었지만, 사립대학 대학원 교육연구장치 시설정비비 보조는 약 29억 엔 감소한 114억 3400만 엔이다. 문부과학성 분야별 예산 라이프사이언스 744억 400만 엔(93억1100만 엔 증액) 정보통신 563억 2100만 엔(99억 3200만 엔 감액) 환경 753억 9200만 엔(28억 6800만 엔 감액) 나노테크, 재료 309억 2000만 엔(25억 7000만 엔 감액) 원자력 2674억 7100만 엔(191억 5400만 엔 증액) 우주, 항공 1803억 800만 엔(36억 3600만 엔 감액) 남극, 해양지구 466억 4600만 엔(19억 9400만 엔 감액) 지진, 방재 159억 1900만 엔(6억 5900만 엔 증액) 신흥, 융합분야 138억 5500만 엔(17억 5700만 엔 감액) 안전, 안심 271억 7000만엔(10억 2900만엔 감액)