제3기 과학기술 기본계획(생명과학 분야)이 2006년 3월 22일 일본 종합과학기술회의에서 다음과 같이 확정되었다.

1. 상황인식
*21세기는 생명과학의 세기라고 할 만큼 생명과학은 인간생활에 직결되는 “보다 잘 살고, 보다 잘 먹고, 보다 잘 쉬는 영역”에 대한 기대가 크다. 앞으로 기능분야, 기능집합체의 물질적 이해에 국한되지 않고 생명의 통합적 전체상을 깊이 있게 이해하는 과제가 중요하다. 또한 국민들에게 성과를 보다 많이 환원시키고 임상연구, 임상관련 연구를 강력히 추진해야 한다.
*일본의 생명과학분야 연구개발 수준은 높지만, 산업기술력에서는 경쟁력이 약하다. 미국과 유럽 국가는 높은 수준이며, 한국과 중국은 앞으로 기술개발과 산업화 측면에서 경쟁의 대상이 되고 있다. 국가가 지금까지 추진하고 있는 연구영역에 대해 중점적으로 투자할 필요가 있으며, 기초연구 및 기반연구, 체제정비 등을 보다 충실히 해야 한다. 또한 생명현상의 통합적 전체상의 이해, 연구 성과의 실용화를 위한 교량적 역할, 국민에게 성과 환원사업 등을 강력히 추진할 필요가 있다.

2. 주요 연구개발 과제
(1)생명과학 분야 중점사항을 바탕으로 41개의 중요한 연구개발 과제를 선정하였으며, 주요 과제영역은 다음과 같다.
*생명과학 연구 전체를 지원하는 기초 및 기반 연구과제
*보다 잘 먹고, 보다 잘 쉬는 영역에 공헌하는 연구개발 과제
*보다 잘 사는 영역에 공헌하는 연구개발 과제
*생명과학 연구체제 정비에 관계되는 과제
(2)연구개발 목표 및 성과 목표는 별지 문서로 제시되어 있다. 이 목표에 따라 투자방법, 정책목표의 실현, 국민에 대한 홍보 강화, 구체적인 지침 및 평가 제시, 사회에 대한 성과 환원 등이 적극 추진되어야 한다.

3. 전략 중점 과학기술
(1)선택과 집중의 전략이념
*생명 프로그램 재현(통합적 전체상의 이해를 통해 생명의 신비에 육박)
*연구 성과를 신규 의료기술 등에 실용화하기 위한 교량적 역할
*혁신적 식료품 및 생물의 생산기술 실현
*세계 최고 수준의 기반 정비
(2)전략 중점 과학기술 선정
*생명 프로그램 재현 과학기술
*임상연구 및 임상관련 연구
*표적치료(標的治療) 등 형식적 의료기술
*신생 및 재발 감염증 극복 과학기술
*국제 경쟁력을 향상시키는 안전한 식료품의 생산 및 환경개선 과학기술
*생물 기능 활용에 의한 물질의 생산 및 환경개선 과학기술
*세계 최고 수준의 생명과학 기반 정비

4. 추진대책
*연구개발을 전략적으로 추진함으로써 탁월한 연구 성과를 도출하고, 제도 및 체제 등 환경을 정비할 필요가 있다. 또한 선택과 집중 전략, 환경 측면에서의 추진대책을 함께 추진하는 것이 중요하다.
*연구개발 동향, 기술개발 수준은 변화하므로 국제적인 연구개발 동향도 주시하면서 성과목표 등을 적절하게 수정하고, 과학기술 제휴 시책 등도 적극적으로 활용하고, 관계 부처의 정책방향 확인, 관련 정책과의 제휴 강화, 중복 배제 등을 적극 추진할 필요가 있다.

*추진대책으로 다음 사항들을 정하였다.
(1)생명 프로그램 재현에 대한 준비
(2)임상연구 추진을 위한 체제 정비
(3)안전 확보를 위한 생명과학 추진
(4)성과에 관한 국민이해 촉진
(5)의료에서의 IT 활용
(6)의과 및 이공계 제휴 등 촉진
(7)생물 다양성의 보전 및 확보
(8)바이오산업 등에서의 표준화 추진
(9)바이오 벤처의 육성 및 지원
(10)지적재산권의 전략적 확보 및 활용

(별첨 1) 주요 연구개발 과제의 체제
(별첨 2) 주요 연구개발 과제의 개요 및 목표