제3기 과학기술 기본계획(환경 분야)이 2006년 3월 22일 일본 종합과학기술회의에서 다음과 같이 확정되었다.

1. 상황인식
(1)환경연구를 둘러싼 현황
인간 활동의 영향이 지구환경 용량을 초과하는 상태에 이르는 심각한 환경문제가 발생하고 있다. 환경 오염물질의 배출 및 인간 활동의 범위 확대로 지구환경에 큰 영향을 끼치고 있다. 2002년 9월에 개최된 세계 정상회의에서 세계가 하나 되어 세계의 번영과 평화를 위해 단결하고 공동으로 행동할 것을 결의하였다.
2004년 6월에는 행동계획 실시사항을 확인하고 3R 이니셔티브의 개시를 결의하였으며, 2005년 4월에 개최된 회의에서는 3R(발생억제, 재사용, 재생이용)을 추진하는 국제적 시행방안을 결의하였다. “지속 가능한 사회”의 실현을 위해 개별적인 프로세스 연구, 현상 해명, 영향 평가 등 일관성 있고 종합적인 활동을 전개하기로 하였다.
(2)연구개발에서의 문제점
*개별적인 연구를 수행하는 경향이 있으며 정부의 조치가 미흡함.
*기반연구의 추진 및 지적연구 기반의 정비가 부족함.
*환경경제학 등 사회과학계 환경연구가 불충분함.
*환경문제에 대응할 수 있는 전문 인력이 부족함.
*국제협력에 대응할 수 있는 전문가 능력이 불충분함.

2. 주요 연구개발 과제
(1)선정에서의 고려사항 및 연구과제 선정
*환경과 경제의 측면에서 지속적으로 발전하기 위해 관계 부처가 제휴하면서 연구를 수행할 필요가 있다. 단기적인 문제 해결형 연구와 중장기적 대응 연구를 하되 선택과 집중을 필요로 한다.
*이에 따라 다음 6개 연구영역을 선정하였다.
-기후변동 연구영역
-물과 물질 순환 및 유역권(流域圈) 연구(4개 프로그램)
-생태계 관리 연구영역(4개 프로그램)
-화학물질 리스크 및 안전관리 연구영역(2개 프로그램)
-3R 기술 연구영역(3개 프로그램)
-바이오 매스 활용 연구영역(3개 프로그램)
(2)연구개발 목표 및 성과 목표
중요한 연구개발 과제 57개를 선정하고 연구개발 목표 달성, 국민에 대한 성과확산 등을 중점적으로 관리한다. 이를 위해서 효과적인 정부의 연구개발 투자, 효율적인 정책 목표, 국민에 대한 책임 있는 홍보활동 강화, 구체적인 지침 및 평가기준, 효과적인 성과확산 등을 착실히 수행해야 한다.

3. 전략 중점 과학기술
(1)집중과 선택의 전략이념
긴급성, 중대성이 높은 환경문제의 해결, 지속적인 발전을 가능하게 하는 사회의 구축, 국민생활의 질적 향상 및 산업경제의 활성화에 대한 강한 영향 등에 기여하는 연구 과제를 선정하였다. 전략을 요약하면 다음과 같다.
*지구 온난화에 기여한다.
*국가가 환경 분야에서 국제적으로 공헌하고 국제협력의 리더십을 발휘한다.
*환경연구 분야에서 국민의 자존심을 지킨다.
*환경 과학기술을 정책에 반영하기 위한 인재를 육성한다.
(2)전략 중점 과학가술
위에서 제시한 전략에 따라 환경 분야 전략 중점 과학기술 과제를 선정하였으며, 이들은 기후변동 연구영역, 생태계 관리 연구영역 등 7개 연구영역에 대해 중요성이 높은 과제들이다.

4. 추진대책
추진대책으로 다음 사항을 정하였다.
(1)국제적 리더로서의 솔선적인 추진 및 세계에의 공헌
(2)국민의 기대와 관심에 부응하는 정보의 제공
(3)환경과 관련된 폭 넓은 인재육성
(4)활기찬 전략을 실현하는 정부 부처간 협력체제 구축
(5)특히 제휴를 강화하는 과제
(6)산학관 연구주체간의 역할분담 및 제휴
(7)지방 공공단체 및 지역특성과의 제휴
(8)연구공동 기반의 정비 및 운용
(9)경쟁적 연구 자극
(10)분야별 추진전략의 기동성 있는 수정 및 개정