제3기 과학기술기본계획에 있어서, 제2기 기본계획에 기초한 산학관 제휴에 관한 시책의 진보상황은 산학의 공동연구 증가 및 기술이전기관(TLO)에 의해 기술이전실적의 증가, 대학발 벤처의 설립수 증가(1000사 달성) 등, 산학관 제휴는 여러가지 형태의 제도정비로 착실하게 진전됐다라고 평가되고 있다. 이것을 이어 혹독한 국제경쟁 속에서 독자의 연구성과를 끊임없이 혁신창출해야만 하는 일본의 제3기 기본계획에 있어서의 산학관 제휴는 그 실현을 위해 중요한 수단으로 자리매기고, 지속적・ 발전적인 산학관 제휴 시스템을 구축한다.

구체적으로는, 보다 본격적인 산학관 제휴를 심화해야한다라는 관점에서 대학 등의 우수한 연구성과를 살린 종래형의 기술이전에 더하여, 산학관이 연구과제의 설정단계부터 대화하며, 장기적인 시점에 서서 기초에서 응용까지 전망한 공동연구 등을 추진함으로 제휴의 효과를 높여 나갈수 있도록 전략적, 조직적인 제휴를 촉진한다. 또한 산학관 제휴의 지속적 발전의 관점에서 산학관의 신뢰관계양성, 대학 등의 자주적 추진촉진, 대학지적재산본부와 기술이전기관(TLO)의 활성화와 제휴강화, 지적재산활동의 원활한 전개를 도모한다.

문부과학성에서는 이러한 제3기 과학기술기본계획이 제시하는 방침을 수렴하여 2006년도에는 지적재산전략의 강화 및 산학관 제휴추진에 의해 혁신창출을 도모하는 관점에서 주요한 아래의 시책을 실시한다. (지역과학기술진흥에 중점을 둔 ‘지적 클러스터 창성사업’ 등의 산학관 제휴에 대해서는 설명소개를 제외하고 있다.)

(1)지적재산전략의 강화
①대학 지적재산본부 정비사업
대학에 있어 지적재산의 전략적, 조직적인 창출・관리・활용을 추진하기 위해서, 전학적인 지적재산의 관리활용을 도모하는 “대학지적재산본부”를 43건(34건의 ‘대학 지적재산본부 정비사업’ 실시기관과 9건의 ‘특색있는 지적재산관리, 활용기능지원 프로그램’ 대상기관)정비하고, 지적재산 활용으로 사회에 공헌하는 대학만들기를 추진한다. 또한 대학 지적재산본부를 핵으로서, 대학내의 연구자원을 결집하고, 조직적으로 산학관 제휴를 추진하기 위한 체제인 ‘슈퍼 산학관 제휴본부’를 6건 정비하여 산학관 제휴를 더욱 추진한다.

②기술이전지원센터 사업
일본산업의 국제경쟁력을 강화하고 경제를 활성화시키기 위해서는, 이하의 기능 등을 집중화한 기술이전지원센터 기능정비・강화를 도모하고, 대학 및 기술이전기관(TLO) 등의 연구개발성과에 대하여 기술이전활동을 종합적으로 지원한다.

（ⅰ）대학의 특허 등 지적재산을 전략적으로 보호, 활용하기 위해 대학(기관)에 소속한 발명과 관련되는 외국에의 출원경비 등 지원
（ⅱ）기술이전사무 등을 시행하는 인재를 대상으로 한 유능한 인재육성
（ⅲ）종합적인 기술이전 상담창구
（ⅳ）대학 등과 산업계의 매칭기회를 충실하기 위한 대학 견본시(見本市)
（ⅴ）개발주선・ 실시허락

(2)산학관 제휴의 추진
①산학공동 연구성과 혁신화 사업
기초연구에서 신기술의 싹을 발굴하고 혁신창출로 연결될 것 같은 본격적인 공동연구로 진행하기 위해서, 대학과 기업이 공동으로 실시하는 타당성 조사활동을 지원(1건당 800만엔, 110건 정도)하고, 또한 타당성 조사를 마치고 본격적인 육성단계에 들어가는 연구에 대해서 매칭펀드형식으로 지원(1건당 5000만엔, 8건정도)한다.

②독창적 연구성과 전개사업
대학, 공적연구기관 등의 독창적인 연구성과(seeds)에 대하여 실용화를 전개하기 위해 과제의 기술단계에 맞는 연구개발을 경쟁적 환경하에서 실시하고, 연구성과의 사회환원을 촉진함으로 사회경제 및 과학기술발전, 국민생활향상에 기여한다. 구체적으로는 대학 등의 연구성과에 대하여 이하와 같이 실시한다.
（ⅰ）연구개발형 중견,중소기업이 소유한 신기술 콘셉 실용화을 위한 시작(試作), 가능성시험 등의 연구개발(독창 모델화)
（ⅱ）기업 및 사업전개에 필요한 연구개발( 대학발 벤처 창출추진)
（ⅲ）국민경제상 중요한 신기술 중 기업화가 매우 곤란한 신기술에 대하여 기업화 개발(위탁개발)를 추진하고, 종합적으로 연구성과 실용화에 관한 지원

③산학관 제휴활동 고도화 촉진사업
산학관 제휴를 지탱하는 각종 전문지식을 갖춘 인재(산학관 제휴 코디네이터)를 대학의 공동연구센터 등의 니즈에 대응하여 배치하는 등 산학관의 제휴체제정비를 실시한다. (2006년 2월현재 104명)