1. 인재의 유동성 향상

(1) 외국인 연구자의 환경 개선
-일본의 외국인 연구자 비율은 점점 증가하고는 있지만, 아직 1.4%정도. 과학기술수준을 끌어올리고, 세계적인 거점을 형성하기 위해서는 국적을 불문하고 우수한 인재가 일본 연구사회에 모여들어 활약할 수 있는 여건이 중요하다. 세계각국이 우수한 인재 확보를 강하게 인식하면서 정책전개를 하고 있는 지금, 국제적 인재확보 경쟁에서 이기기 위한 외국인 연구자 입국제도실현이 필요하다

(2) 이동에 따른 연금과 퇴직금 문제
-이동하는 자에 대해 경제적인 불이익을 발생시키는 연금과 퇴직금 제도가 인재의 유동화를 저해하는 요인중 하나로서 지적받고 있다.
각 국가간의 다른 연금제도로 인한 문제를 해결하기 위해 각국과 사회보장협정을 체결하고 있으며 기관마다 다른 퇴직금제도 문제도 국립대학법인간의 이동시 기간정산되고, 법인간 협정을 맺어 법인간 이동한 경우도 퇴직금 기간정산이 가능하며, 국립대학법인과 일부 연구독립법인도 기간 정산이 이루어지고 있어 대상기관확대 요청도 있다.

2. 임상연구추진상의 제도적 과제

-제 2기까지의 라이프사이언스에 관한 연구성과가 의약품이나 의료기기 등의 실용화로 이어지길 기대하고 있다. 이러한 성과 환원에는 치료체험을 포함한 충실하고 효율적인 임상연구가 필요한데, 의사ㆍ연구자측과 피체험자측의 낮은 인센티브나 취약한 체제 등으로 신약개발의 장기화와 고비용화를 초래, 최첨단 의료 실현을 지연하여 국내산업의 경쟁력저하로 이어진다고 지적받고 있다.
임상연구와 그 가교역할을 하는 연구를 전략중점과학기술로서 자금중점배분 대상으로 하는 방책 외에도 임상연구추진을 위한 지원체제정비, 인재육성, 승인심사를 위한 환경정비 등의 시책강화를 진행하고 있는 중이며 앞으로 보다 검토를 깊게 할 필요가 있다.

3. 효율적인 연구비 사용을 위한 제도적 과제

-회계연도독립원칙하에서 연도를 경과하여도 국가 예산집행이 가능한 예외조치가 있는데 연구개발예산을 효율적으로 사용하고자 경쟁적 자금도 예외조치에 포함시켰다.
그러나, 이 예외조치의 이용실적은 엄격한 요건 등으로 낮은 수준에 머물고 있어 최근 채택된 개선책이나 효과예측을 포함한 검토가 필요하다.

4. 연구자의 고용과 근무환경상의 문제

(1) 여성연구자의 근무환경
-일본의 여성연구자수 비율은 낮은 수준에 머물고 있어 인재육성, 확보, 활약 촉진 시책의 일환으로서 여성연구자가 그 능력을 최대한으로 발휘할 수 있는 환경정비가 과제가 되고 있다. 여성연구자의 육아휴직확보나 육아휴직후의 복귀가 어렵다는 등 그 진로를 막는 제도상의 애로사항이 지적되고 있는데 앞으로 여성연구자의 재직률을 높이기 위해서는 육아휴업여건완화, 출산ㆍ 육아에 따른 경쟁적 연구자금 연장이나 일시중단 조치, 단기간 근무나 재택근무를 통한 유연한 근무환경채용, 복귀를 방해하는 제도 개선 등 전체 의식 개혁 문제를 포함한 검토가 필요하다.

(2) 연구지원자 고용
- 연구자가 연구활동에 전념할 수 있고 창조적인 연구개발을 할 수 있는 환경을 추진하는데는 많은 우수한 연구지원자 확보가 바람직하다.
일본에서는 구미에 비해 연구자 1인당 연구지원자수가 압도적으로 적은데, 연구지원자의 직무상 역할이 명확하지도 않고, 경쟁적 연구자금에 의한 불안정한 비상근 ㆍ 기간제 고용으로 급여수준이 적고 고도기술이나 경험, 자격 등을 가진 우수한 인재 확보가 어려운 등의 문제를 지적받고 있다.
1997년 노동자파견사업법 시행예 개정을 통해 연구자ㆍ 연구지원자 파견이 추가되었고, 2001년도 이후 과학연구보조금의 직접경비로 연구지원자의 고용이 가능하게 되는 등 제도상의 정비가 있었다. 앞으로 국립대학과 연구소의 법인화에 따라 비상근직원 등의 고용에 대해서도 자유도가 높아질 것이라고 기대되며 제도적 대응에 대한 검토가 필요하다.