제1장 서론
 제1절 연구의 필요성
 제2절 연구의 목적 및 내용
 제3절 추진전략 및 방법
 제4절 기대성과 및 활용방안

제2장 국가연구개발사업 조사, 분석, 평가의 현황 및 분석
 제1절 평가대상
 제2절 평가위원
 제3절 평가방법
 제4절 평가결과

제3장 국가연구개발사업 사전조정사업
 제1절 심의대상
 제2절 심의위원
 제3절 심의방법
 제4절 심의결과

제4장 조사, 분석, 평가 및 사전조정 개선방안
 제1절 전체적인 관점에서의 개선방안
 제2절 조사, 분석, 평가사업의 개선방안
 제3절 사전조정사업의 개선방안

제5장 결론 및 시사점
 제1절 두 사업의 목표 구체화와 사업간 연계 강화
 제2절 사업 참여 주체들의 국가적 공동 목표에 대한 인식 공유 및 역할 분담
 제3절 신규 국가연구개발사업에 대한 기획사업의 강화
 제4절 국가연구개발사업 전반에 걸친 종합분석 강화 필요

[부록] 종합조정 평가시스템 개선 종합조정지원단 전문가 회의